Juguemos con el Genoma de E.coli : Lambda Red Swap! (PARTE 1)


En esta primera entrega les presento el Red swap, un método muy sencillo que nos permite generar mutantes o introducir fragmentos de DNA en cualquier sitio del genoma de la bacteria. Un artículo que lo describe es este.
El método es muy sencillo y está basado en la utilización de la recombinación sitio específica usando genes del fago lambda. Se genera por pcr un fragmento linaeal del ADN a introducir (que puede ser un marcador de seleccion o un gen de interés como la GFP). Para la síntesis del fragmento se emplean primers que posean entre 40 a 60 pb en comun con la región blanco del genoma de la bacteria. Este fragmento se electropora en la bacteria de interés a la que previamente se le introdujo un plásmido de replicacion termosensible con la integrasa del fago lambda inducible por arabinosa. Tras la electroporacion se cultiva la bacteria con arabinosa y voila! Con baja eficiencia pero con una frecuencia fácilmente seleccionable obtenemos nuestras mutantes! Un protocolo más detallado se encuentra acá. El que quiera hacerlo tengo las cepas con los plásmidos. En la proxima entrega les cuento de una hermosa aplicación de esta técnica: la Keio Collection!

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6 Respuestas a “Juguemos con el Genoma de E.coli : Lambda Red Swap! (PARTE 1)

  1. También recomiendo la cita de < HREF="http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/97/12/6640?maxtoshow=&HITS=10&hits=10&RESULTFORMAT=1&author1=Datsenko&andorexacttitle=and&andorexacttitleabs=and&andorexactfulltext=and&searchid=1&FIRSTINDEX=0&sortspec=relevance&resourcetype=HWCIT" REL="nofollow">Datsenko & Wanner PNAS 97:6640 (2000)<> donde esta la construcción de los plásmidos mencionados en la entrada. También enseña como hacer reemplazos por deleción.

  2. Le felicito por su blog porteño. Es original y da mucha información en poco espacio. Lo considero una aportación de primera clase que me está dando mucho placer visitarla.Elio(“Small Things Considered”)

  3. Le felicito por su blog porteño. Es original y da mucha información en poco espacio. Lo considero una aportación de primera clase que me está dando mucho placer visitarla.Elio(“Small Things Considered”)

  4. Le felicito por su blog porteño. Es original y da mucha información en poco espacio. Lo considero una aportación de primera clase que me está dando mucho placer visitarla.Elio(“Small Things Considered”)

  5. Gracias Elio por sus coemntarios. También leo su blog con mucho interés.Gastón

  6. Que honor que nos leas!! Más el autor de un blog como el “Small Things Considered”. Espero que te acuerdes de mi, nos conocimos en las SDMG meetings en la Jolla. Estuve este año de visita en el laboratorio de Marcelo Tolmasky. Espero volver el año que viene y que podamos seguir charlando de ciencia! Saludos Elio! Gracias por el apoyo!

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