Qué hay en el mar? metagenómica de océanos.


Bueno,había prometido algo más ambiental. Este artículo de marzo de este año, revisa un poco los avances que la recoleccion de datos metagenómicos en el océnano respecto de otras técnicas del pasado, en particular las PCRs en base a rRNA permitieron en la compresión de la biodiversidad de microorganismos en los océanos. El artículo me parece buenísimo para meterse en contexto de un tema apasionante: cómo evaluar la diversidad microbiológica en un ambiente. Esto es crucial si se tiene en cuenta la bajísima proporción de organismos cultivables en el laboratorio.
Ahora voy a volar un poquito y quizas diga una tontería: qué lindo sería poder, en base a los genes hallados en el metagenoma oceánico, desarrollar medios de cultivo adecuados segun parámetros fisico-químicos-genómicos. Una vez evaluadas las correlaciones metgenoma/composicion del medio adecuado, podrían predecirse para nuevos ambientes qué medio emplear para cultivar a sus microorganismos en base a los datos metageómicos, o más aún: en base a datos metatranscriptómicos!!!!!! Hacer “colecciones Keio” de diferentes microorganismos podría servir para generar estas correlaciones.

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2 Respuestas a “Qué hay en el mar? metagenómica de océanos.

  1. Otro punto interesante es que las secuencias obtenidas en este proyecto no estan en el Genbank sino en < HREF="http://camera.calit2.net/index.php" REL="nofollow">CAMERA<> que es un servidor donde se pueden realizar búsquedas tipo blast de las secuencias. Las secuencias se asocian a una condición de muestreo, es decir, lugar geográfico, temperatura y salinidad de agua, profundidad, etc; porque no siempre se puede asignar a un organismo conocido.Respondiendo a lo que dice Alf, quizás algunas especies necesiten de otras para vivir, es decir nunca pueden “aislarse” porque sino que deben crecer junto con otros organismos. Realmente el campo de la ecología microbiana esta en pañales!!

  2. De todos modos sería interesante ver por transcriptómica qué genes se expresan en cada condición y ver si se pueden asociar algunos de ellos a variables fisico-quimicas del ambiente, no les parece?

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