Antibioticos y flora bacteriana: una perspectiva metagenómica


En nuestros cuerpos alojamos al menos 10 veces más células bacterianas que células eucariotas (o “humanas”). En parte porque nuestros diferentes rincones ofrecen nichos ecologicos muy diversos que permiten el desarrollo de diferentes microorganismos estableciéndose relaciones simbióticas muy importantes. Por ejemplo, en nuestra piel y en nuestra intestino las comunidades microbianas compiten y excluyen a patógenos. Fisiológicamente las las bacterias del intestino realizan porcesos químicos importantisimos con implciancia en la fisiología y salud humana. Por lo tanto el empleo de antibióticos tiene consecuencias drásticas en este mutualismo.
Hasta hace diez años los estudios de la comunidad intestinal eran casi exlusivamente mediante técnicas dependientes de cultivo. En la última década empezaron a emplearse bibliotecas con secuencias de rRNA 16s que eran amplificadas por pcr directamente del ambiente, clonadas y sequenciadas, lo que dio mayor resolución filógenética ya que se pueden secuenciar directamente unos 5000 clones y analizar las secuqncias obtenidas. Hace muy poquito existen nuevas técnicas de secuenciamiento que abaratan el costo, evitan el clonado y aumentan la velocidad de obtención de datos, como por ejemplo la tecnología de pirosecuenciamiento. Se puede amplificar directamente una subregión del 16s rRNA obteniendoce CIENTOS DE MILES de secuencias!!!
Acaba de aparecer este trabajo muy bonito que tiene muchisimo valor porque explora la flora microbiana como nunca antes, mira con una resolucion impresionante la variedad inter individuos y muestra como los antibóticos perturban la flora pero tambén como se restaura despues de 4 semanas despues del tratamiento. Se basa en el análisis de más de 900.000 secuencias (450.000 de dos regiones diferentes de 16s). Además se toman el trabajo de hacer la mayor biblioteca de 16s jamás hecha para cualquier ambiente para comparar el metodo tradicional con el pirosecuenciamiento. Imaginen no sólo la capacidad de equipos sino tambien el poder computacional necesario para el análsis. Esto da informacion cuantitativa y cualitativa.
Asi vemos como nunca antes que los miembros más abundantes pertenecen a unos pocos géneros de los phyla Bacteroidetes y Firmicutes mientras que las proteobacterias, ( como nuestra conocida E.coli que fue la primera bacteria colónica descripta!) son muy minoritarios. La ciprofloxacina (Cp) que se pensaba relativamente benigna para la flora genera una fuerte perturbación, que sin embargo se restaura.

Anuncios

Responder

Introduce tus datos o haz clic en un icono para iniciar sesión:

Logo de WordPress.com

Estás comentando usando tu cuenta de WordPress.com. Cerrar sesión /  Cambiar )

Google+ photo

Estás comentando usando tu cuenta de Google+. Cerrar sesión /  Cambiar )

Imagen de Twitter

Estás comentando usando tu cuenta de Twitter. Cerrar sesión /  Cambiar )

Foto de Facebook

Estás comentando usando tu cuenta de Facebook. Cerrar sesión /  Cambiar )

Conectando a %s