Archivo de la categoría: biodiversidad

Lexotanil y bacterias, tiene algo que ver ?

Como ya muchos saben, ya sea por uso personal o por uso ajeno las benzodiazepinas son utilizadas para calmar la ansiedad, desórdenes de sueño y patologías similares. Ademas del ya conocido reseptor tipo GABA el cuál es el blanco terapéutico de las benzodiazpinas, existe un segundo receptor denominado TSPO (translocator protein) ubicado en la membrana externa de las mitocondrias. El receptor TSPO se necuentra en todos los tejidos con excepción de neuronas, jugando un rol en la esteroidogénesis, sintesis de profirinas, proliferación celular y apoptosis. A pesar de la diferencias en tamaño un homólgo funcional de TSPO fue encontrado en la bacteria fotosintética Rhodobacter sphaeroides, donde regula la síntesis de pigmentos y la fotosíntesis en respuesta a la luz y las modificaciones de la presión de O2. Se encontro en otras bacterias como Flemyella diplosphon y Shinorhizobium meliloti. 1.jpgTeniendo en cuenta la vida simbiotica de estas bacterias se creyo en principio que este receptor es solo un olvido evolutivo.
Pero para dar un batacaso Chapalain y col. identifcaron un homólogo a tspO en distintas cepas de Pseudomonas fluorescens. (Fig 1)

2.jpg

demostrando in silico que existen ortólogos a TspO en eubacteria, muchas de ellas patógenas. r). No solo el tspO de Pseudomonas es funcional sino que es capaz de unir con alta afinidad el ligando específico de PK11195 del TSPO humano. Demostrado mediante un ensayo radioactivo. (Pueden ver el scatchard en la figura siguiente).4.jpg
El TSPOps no solo es capaz de unir este ligando sino que al tratar las células con este ligando se afecta la capacidad de adhesión, formación de biofilm y citotoxicidad de Pseudomonas sugiriendo que el tspOps posee un importante rol en la patógenesis de Pseudomonas.
Lo que nos faltaba es que las bacterias también se vuelvan adictas a los antidepresivos.

PMID: 19564920

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TRACA-TRACA


TRACA: transposon aided capture
Siguiendo la linea del metagenoma intestinal, nos preguntamos que pasa con los plásmidos. Muchas de las enzimas y componentes bacterianos se encuentran codificadasen plásmidos. En los enfoques metagenómicos las secuencias de vectores no aparecen o se ven poco representados. El TRACA método utilizan el transposon EZ-tn5 para marcar los plásmidos aislados y recuperarlos en una cepa de E. coli de laboratorio. Con este enfoque metodológico indentificaron un grupo de plásmidos interesentes. Muchos de los cuales no aparecieron en los muestreos de metagenomas. A mi entender un método brillante!!!.

PMID: 17128268

Qué hay en el mar? metagenómica de océanos.


Bueno,había prometido algo más ambiental. Este artículo de marzo de este año, revisa un poco los avances que la recoleccion de datos metagenómicos en el océnano respecto de otras técnicas del pasado, en particular las PCRs en base a rRNA permitieron en la compresión de la biodiversidad de microorganismos en los océanos. El artículo me parece buenísimo para meterse en contexto de un tema apasionante: cómo evaluar la diversidad microbiológica en un ambiente. Esto es crucial si se tiene en cuenta la bajísima proporción de organismos cultivables en el laboratorio.
Ahora voy a volar un poquito y quizas diga una tontería: qué lindo sería poder, en base a los genes hallados en el metagenoma oceánico, desarrollar medios de cultivo adecuados segun parámetros fisico-químicos-genómicos. Una vez evaluadas las correlaciones metgenoma/composicion del medio adecuado, podrían predecirse para nuevos ambientes qué medio emplear para cultivar a sus microorganismos en base a los datos metageómicos, o más aún: en base a datos metatranscriptómicos!!!!!! Hacer “colecciones Keio” de diferentes microorganismos podría servir para generar estas correlaciones.