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Y se dobla!!

Como hace una bacteria para ser un coco, un bacilo, o tener cualquier forma bacteriana es una pregunta que no es del todo conocida en la actualidad. En un trabajo publicado por Cabeen y col. en el EMBO journal se vió que la proteína llamada crescentina es responsable de su forma curva. Podemos ver en la foto como se ubica en un solo lateral con una forma de helice.

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Solo para demostrar que es necesario vieron que la mutante creS- no se curva y si mucho mas la cepa que sobre-expresa la crescentina.

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Y como si fuera poco y para que nosotros los lectores no nos quedemos con ganas de mas realizaron el mismo experimento expresando la crescentina en E. coli, la foto habla por si sola.

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Bacterias en el Aire


Muchas veces se caracterizan comunidades de baterias en diversos ambientes usando 16s rRNA. Ademàs tambièn se usa la aproximación metagenomica (secuenciar genes y ensamblarlos sin diferencias microorganismos) para caracterizar caracterìsticas de estas comunidades. Este trabajo (The airborne metagenome in an indoor urban environment.Tringe SG et al. PLoS ONE. 2008 Apr 2;3(4):e1862)tiene la originalidad de usar estas aproximaciones en el aire de un ambiente urbano. Comparan las comunidades exsitentes en el aire dentro del negocio con las de tierras y aguas cercanas. En primer lugar encuentran que en el aire hay muchisimas menos especies de bacterias, con un sesgo importante hacia las Caulobarcteriales y Xantomonadales. Por otro lado las bacterias se parecen más a las del polvo que se acumula dentro del ambiente a las de fuera del ambiente y deducen que los bichos podrìan ser traídos por los visitantes del shoping. Por ultimo se preguntan què hace que una bacteria pueda estar en el aire o no? Para esto ensamblan todos los genes que pueden del aire, el agua y el suelo y se fijan cuales estan sobrerrepresentados en el aire. Encuentran que las bacterias del aire tienen màs maquinarias de secrecion de proteinas, adhesinas, sideroforos y proteinas que ayudan a resisistir stress oxidativo, desecacion y luz UV. Muy bonito.

Transplante de genoma: convirtiendo una especie en otra!!

Craig Venter, gracias por tu fútbol. Para cuando el Nobel ahí? En el trabajo, que lamentablemente no es gratis y al cual aún no pude acceder, reemplazan el genoma de una célula de Mycoplasma capricolum por el de Mycoplasma mycoides resistente a tetraciclina. Los detalles técnicos aún no los tengo pero cuando pueda lo consigo. Basicamente preparan el DNA completo de la donora y transforman a la célula receptora con PEG y seleccionan con tetraciclina. Seguramente hay muchos más detalles tpecnicos, pero esto abre el camino a la generación de células sintéticas. El abstract acá.

Juguemos con el Genoma de E.coli: The KEIO collection! (parte II)


NO SE GASTEN EN HACER UNA COLI MUTANTE NUNCA MAS POR FAVOR!!!! El knock out sistemático gen por gen de Escherichia coli K12 W3110 usando red swap (vean la parte I!) generó la colección KEIO. Los tipos no sólo se tomaron el trabajo de hacer la coleccion, también la ofrecen gratis a todo aquel que solicite un clon! Este flor de trabajo se publicó en “Molecular systems biology“. Por si fuera poco, generan mutaciones no polares, porque quitan in frame el cassette de seleccion! La bacteria tiene 303 genes cuya delecion es letal(un 7% del total), 37 de ellos de función desconocida (!!!!). Los muchahcos se centran en mirar un poco estos genes esenciales. Por un lado los agrupan por categoría (segun su posible actividad) y se fijan que porcentaje del total de la categoría es esencial. Tambien miran la OD de cada mutante en medio minimo o en LB. Encuentran cosas rarisimas como mutantes que pueden crecer mucho en medio minino pero muy poco en LB!!!! Bueno recuerden no hacer mas mutantes de coli!!